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Itoshi NIKAIDO
愛なら仕方ない
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我々のラボで開発した新しい1細胞RNA-seq法RamDA-seqの論文が出版されました。世界的に競争の激しい red ocean ともいえる1細胞RNA-seq業界ですが、完全長トータルRNAを計測するという、まったく新しい blue ocean を開拓しました。

非ポリA RNAも捉えられ、長いRNAの全長も捉えられる唯一の方法になります。ヒト疾患でよくみられるRNA配列の変異などを1細胞レベルで計測できることで、メディカルサイエンスや創薬に貢献します。

Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs
https://www.nature.com/articles/s41467-018-02866-0

日本語のプレスリリースも出しました。RamDA-seqが何を達成するのかは、図1がわかりやすいと思います。
http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180214_1/
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複数のデータベースやソフトウェアを複雑に組み合わせるゲノム科学分野でのデータ解析ですが、その計算の再現性や環境構築の難しさが、科学発展を妨げています。これを解決する Silver Bullet が科学計算分野でのクラウドやDevOpsの活用だと考えています。

科学者のエンジニアリングに費す時間を最小化し、サイエンスに集中できる時間を増やすことが、限られた我が国の研究リソースを最大化することに繋がると確信しています。

これまでの我々は、ゲノム科学計算の再現性を向上するためのDevOps技術、仮想計算などの研究開発を行ってきました。また、マイクロソフトと共同で、ゲノム科学計算のパブリッククラウド化に取り組んでいます。
これらの活動を日経ビジネスオンラインさんが取り上げてくれました。一般向けに比較的平易に書かれていますので、ぜひご覧ください。

http://special.nikkeibp.co.jp/atcl/NBO/17/ms0822_02/
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2014.8白茶子猫
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明日は分子生物学会で講演です。

「1細胞RNA-Seqを用いた幹細胞の細胞状態ゆらぎの理解に向けて」

細胞集団のなかには、細胞によってmRNAやタンパク質量が不均質になる現象が知られている。このような細胞状態の不均質性(ゆらぎ)は、発生や細胞分化、リプログラミング、薬剤応答性など様々な現象との関連が示されつつある。細胞状態の不均質性がどこから生じるのか、また、様々な生命現象とどのように関わっているのか、を理解することで、生命らしい柔軟な細胞機能の理解に繋がるであろう。しかしながら、細胞集団のなかに、どのような細胞状態がどの程度存在するかを、正確に、網羅的に知ることは困難である。そこで、我々は、高い再現性と精度を誇る1細胞RNA-Seq法 Quartz-Seq を開発した。この方法は、既存の1細胞遺伝子発現測定法と比較し、2.7倍以上の遺伝子を検出し、実験の再現性を示す指標である相関係数は 0.93 を越える。さらに細胞の分化状態だけでなく、細胞周期のような小さな細胞状態の差をも検出できることを示した。本講演では、マウスES細胞を利用し、Quartz-Seqの性能を示し、細胞の不均質性がどこからやってくるのかを議論したい。

http://mbsj2013.castle104.com/#!_/presentations/4203
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テクニカルスタッフを募集しております。

世界最先端の1細胞RNA-Seq法の開発や再生医療の実現化に向けて、シーケンス実験やデータ解析の支援で活躍して頂ける人材を探しております。

また、興味を持って頂けそうな方に転送して頂けると幸いです。

研究員のポストにご興味のあるかたは、別途、お気軽に連絡してください。

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研究室の概要:
我々は2013年に、もっとも精度と再現性が高い1細胞RNA-Seq法
Quartz-Seqの開発に成功しました[1]。これにより個々の細胞間に
みられる微小な差異を測定できるようになりました。

現在、我々は、「JST再生医療実現拠点ネットワーク 技術開発課題」に採択され、さらなる1細胞オミックス技術の開発を進めています。このプロジェクトで開発する1細胞オミックス技術により、再生医療の安全性・有効性を評価することで、早期の再生医療の実現を目指します。
http://www.jst.go.jp/pr/info/info965/besshi.html
http://www.jst.go.jp/pr/info/info965/sankou1.html

[1] Sasagawa Y. et al. Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive
single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene
expression heterogeneity. Genome Biology. 14. 2013.
http://genomebiology.com/2013/14/4/R31/abstract

募集職種・人数:
テクニカルスタッフ、若干名

職務内容:
職務1: DNAシーケンス実験の支援
職務2: シーケンスデータ解析の支援

勤務地:
埼玉県和光市

着任時期:
応相談。来年度からでも可。
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詳細は以下のURLをご覧ください
http://www.riken.jp/careers/researchers/20131115_3/
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この前、co-first author として出した論文のプレスリリースが出ました。

「Sox2が幹細胞性を維持するメカニズム」
http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/13/131107_sox2.html
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metaSeq というRパッケージを Bioconductor にて公開しました。

異なる機関から出たRNA-Seqデータを比較する際にリード数がばらついて、発現量がゼロを示すものが不当に増えるデータがあります。発現量差解析に影響を与えるので、そこをうまいこと検定する方法を、@antiplasticsが考えて実装してくれました。

Bioconductorのページ: 
http://bioconductor.org/packages/2.13/bioc/html/metaSeq.html

簡単な紹介スライド:
http://www.slideshare.net/antiplastics/metaseq

JSBi で発表します
https://jsbi2013.hgc.jp/JSBi2013_posterlist.pdf
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co-first で書かせてもらった Sox2 ChIP-Seq 論文が出ました。細胞分化に伴なって、転写因子がどのように遺伝子ネットワークを再配線するかを示しています。
http://www.cell.com/molecular-cell/abstract/S1097-2765(13)00672-2
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