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Gir Won Lee
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PRINSEQ 설치
PRINSEQ Site 세상에는 다양한 fastq 파일을 핸들링하는 tool들이 있는데 최근에 microbiome작업하면서 다시 손댄 tool -다른 tool들 대비 stat 자동화하기 나쁘지않아 보였고 이미지가 좀 이쁘지않나? 여튼.. 문제는 2013년 이후 업데이트되지 않았다는게 좀 그런데.. 모 그렇다고 실행되던게 갑자기 안되지 않으니.. 설치해서 사용했었으니 사용해도 무방하다. :) >wget https://sourceforge.net/project...
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FastQC 설치
FastQC Site 원하는 위치로 이동하여 다음 명령어를 실행 >wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip >unzip fastqc_v0.11.7.zip 이라고 실행하면 FastQC폴더가 생성되면서 압축해제 >cd FastQC >chmod 755 fastqc >./fastqc -h 하면 도움말이 주루룩..
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qiime에서 reference에 tree 파일이 없을때..
qiime을 사용하려고 하는데 기성복처럼 제공되는 천랩 db 이나 gg database 말고 다른 몬가 나 qiime 좀 잘한다고 자랑하려고 다른 microbiome database(근데 그런게 있나?? 직접 만들어봤자.. ) 사용하고자할때! 바로 그 순간 서열은 가지고 있지만 qiime에서 분석하다보면 db가 custome일 경우 tree파일이 없어서 몇몇 분석은 진행 못합니다. 기껏 폼좀 잡았는데 왠 개망신 Orz 자 그래서 우리의  Rob 횽님 께서는...
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NCBI Website and Data Usage Policies and Disclaimers
관련 NCBI 원문 URL Website Disclaimer 쓰는건 님 자유지만 어떠한 유형의 문제 발생시 쓴 너님 문제 Website Usage NCBI 웹페이지는 Title 18 조항에 의해 보호되니깐 작은 하마를 건들면 ㅈ되는 것처럼 똑같이 됨. Copyright Status of Webpages NLM (National Library of Medicine) 웹 페이지의 공개 정보는 자유롭게 배포 및 복사 할 수 있습니다. 그러나 몇몇 저작물(그게 무...
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sensors 로그 기록용 스크립트
서버 온도가 아무 작업을 안해도 60도를 상회하는 관계로 sensors로 온도 변화를 기록하고자 급하게 작성한 한 스크립트. 물론 쓸모는 없었다는게 함정 ㅋ import time from datetime import datetime from subprocess import check_output while 1:         print datetime.today().strftime("%Y/%m/%d/ %H:%M:%S")         contents = c...
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윈도우7 설치 후기
5월 첫주 연휴기념으로(비록 연차는 까여서 -2로 시작하지만..ㅋ) 간만에 PC의 윈도우 재설치 Vostro 460, 2010년쯔음 구매한 물건으로 SSD와 하드만 계속 업그레드하면서 사용한 녀석인데 이번에 재설치하고나서 계속 프리징현상이 발생해서 최근에 구매한 3T 하드때문인지 해당 하드 빼고 설치. SSD에 윈도우 설치하고 윈도우 업데이트하는데도 불구하고 프리징 현상이 살짝 보임. sleep mode에서 깨어날때와, 윈도우 업데이트 할때 빈번.. 윈도우...
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nanonet 사용법
Nanonet Git Hub Nanopore MinION raw 데이터인 fast5에서 2D read 추출하려고 하는데 nanopore로 검색하면 나오는 poretools, nanopolish, nanook들을 사용했음에도 어느하나 2D 서열을 추출 못하고 있어서 전전긍긍하고 있을때 혜식처럼 나타나는 그분 이 알려주신 바로 그 tool!! nanonet되시겠습니다. 우선 CPU기반으로 사용하였습니다. nanonet은 GPU도 지원하고 있는데 GPU로 하였을...
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Resolving the Complexity of Human Skin Metagenomes Using Single- Molecule Sequencing
Yu-Chih Tsai et al. mBio 2016; doi:10.1128/mBio.01948-15 동부(Bethesda)와 서부(Pacific Biosciences)의 콜라보 논문 그러나 이참에 Cell 한번 마음대로 써보자 하지 않았다는게 의외의 포인트 (제길.. 놀려줄게 없어 ㅠ.ㅜ) 사람의 6군데에서 샘플을 채취하는데 보여줄때는 크게 팔 (3군데)과 발 (3군데)를 샘플링을 해서 SMRT와 HiSeq 시퀀싱 - 니네 반복없니? 반복은 너님들이나 신...
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Ubuntu에서 시스템 정보 확인
출처:  Getting your Dell service tag number from command line in Ubuntu 조립식이던 Vendor PC나 서버를 사용할 때 스펙이 어떻게 되는지 이따금씩 궁금할때가 있다. 그럴때 필요한 명령어 dmidecode ! 근데 그냥 dmidecode를 실행시키면 모 그냥 주저리 주저리 내용이 나온다. 그중에 내가 보고 싶은 내용만 추려서 볼 수 없을까? 있다! dmidecode의 --type와 --string 옵션...
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Human Microbiome Project 2
Whole Metagenome 관련 작업하느라 우리 선두주자이신 미쿡언니옵빠들은 무엇을 쓰나 염탐하고 있는데 우리 미쿡 언니옵빠들 phase마다 사이트만드는 통에 다른곳에서 삽질은 했나 싶었는데... 다행히.... 업데이트내용이 없어서 삽질은 아니었던듯.. Human Microbiome Project 1 Human Microbiome Project 2 음... 근데 왜 phase 1하고 2를 다시 만드셨는지.. 주관 기관이 변경된건가?? 여튼 다행인지 얘네...
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