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Watal M. Iwasaki
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クジラの化石についてた酵母で醸造したビール...

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[Science] HSP90による隠蔽変異がCavefishの適応進化に寄与したのではないかという報告。surface型に対するHSP90阻害で目のサイズの分散が増大、その後の遺伝的同化も確認。cave型に対するHSP90阻害では分散は変化せず、平均値が下がったことから、そういうreactionの遺伝子型が選択されてきたことを示唆。トリガーとなる環境要因は洞窟における低い電気伝導性らしい。こういう進化が可能だという実験的証拠としては十分だけど、あとはcave型のゲノム、特に眼の関連遺伝子にsoft sweepの痕跡を見つけられたらもっとよかったねー

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[Genetics] 味噌・醤油をつくる耐塩性酵母はFLO遺伝子のコピー数増大によって浸透圧環境に適応してきた。

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RStudioのGUIがMavericks上でうまくいかない問題、Qt本部もよくわからんということでまるっとCocoaアプリとして書き直して解決しました、って素晴らしい対応だなー

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RのドキュメントはRの中からも見られるし、help.start()コマンドを打てばブラウザからも見られるようにけど、やはりこうしてウェブサイトが立ち上がっててくれると便利。

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最近のRは速くなったと感じていたが、さらなる高速化を目指すフォークプロジェクトとして pqR (pretty quick R) というのがあるらしい。成果が本家にマージされるといいな。

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[Mol Biol Evol] von Baerは発生初期ほど保存的だと言ったが、最近は動物でも植物でもそれよりちょい後の中間段階が保存的だという砂時計モデルを支持するデータが増えている。細胞性粘菌のRNA-seqで発現のばらつきを調べてみると、そのどちらとも異なり、後々ほど保存的だということがわかった。

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[PNAS] 適応進化の予測可能性に対する集団サイズx突然変異率の影響は単調ではない。Nμが小さいときはmonomorphicに進むので試行ごとに何通りものpathがありうる。Nμが大きくてpolymorphicなときは複数の隣接遺伝子型からgreedyに選択していくので使われるpathはある程度絞られる。さらにNμを大きくするとsecond step mutantによる適応度の谷tunnelingが増えてまた取りうるpathが増える。
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